História
O nome de Lagoa da Confusão é, ao pé da letra, uma queixa dos primeiros desbravadores: segundo o verbete do IBGE, a dificuldade que enfrentaram para chegar à lagoa que hoje batiza o município "gerou muita confusão". O povoamento data de 1933, quando as famílias Rodrigues, Pantas e Bartolomeu Bandeira Barros se instalaram na região vivendo de pecuária, agricultura de subsistência, caça e pesca. Por duas décadas o lugar cresceu devagar; o impulso maior veio depois de 1953, com a emancipação da vizinha Cristalândia e a descoberta de jazidas de calcário na região. A separação formal de Cristalândia levou décadas a mais: a Lei estadual nº 251, de 20 de fevereiro de 1991, elevou o povoado a distrito e previu o futuro município; a Lei estadual nº 498, de 21 de dezembro de 1992, ajustou os limites e consumou o desmembramento, com instalação em 1º de janeiro de 1993. Curiosamente, São Miguel do Tocantins — também nesta mesma pesquisa — nasceu pela mesma dupla de leis, instalado no mesmíssimo dia, desmembrado de Itaguatins: as duas cidades compartilham data de nascimento e, até hoje, a mesma condição de não ter comarca própria, permanecendo sob a jurisdição do município do qual se separaram.