História
A cidade é mais velha que o país. Em 1687 o padre Miguel Fernandes, vindo da redução de Conceição — hoje em território argentino —, chegou com cerca de três mil indígenas cristianizados e fundou a redução de São Luiz Gonzaga, uma dos Sete Povos das Missões. Jesuítas e guaranis ocuparam o território até serem expulsos pelos exércitos de Espanha e Portugal, depois do Tratado de Madri de 1750; a região voltou ao domínio espanhol e só foi definitivamente incorporada à Coroa portuguesa em 1801. O povoado em decadência foi invadido e saqueado pelo caudilho uruguaio Frutuoso Rivera em 1828 e 1829, e em 1835, quando estourou a Guerra dos Farrapos, famílias em fuga ocuparam o casario abandonado — a cidade renasceu, literalmente, dentro das ruínas da missão. A organização municipal veio depois: distrito pela Lei Provincial nº 431, de 8 de janeiro de 1859; vila pela Lei Provincial nº 1.238, de 3 de junho de 1880, desmembrada de Santo Ângelo e de São Borja e instalada em 7 de janeiro de 1881; cidade e sede de município pelo Decreto Estadual nº 477, de 12 de março de 1902. No século XX, São Luiz Gonzaga divide com Santo Ângelo a condição de berço da Coluna Prestes, que partiu da região na década de 1920.