História
A história de Francisco Morato nasce da ferrovia. A área se desenvolveu no século XIX às margens da São Paulo Railway, e a tradição local liga a origem do povoamento ao Barão de Mauá, que ali teria mantido terras e um acampamento de trabalhadores para a abertura do túnel de Botujuru, obra que venceu a serra rumo a Campo Limpo Paulista. Ao redor dos trilhos surgiram fazendas de eucalipto, que forneciam lenha às locomotivas, e olarias que produziam tijolos e telhas para a própria construção da estrada de ferro. O núcleo chamou-se primeiro Vila Belém, depois Vila Bethlém, e virou distrito de Franco da Rocha quando este se emancipou. Em 1954, como a legislação não admitia dois municípios homônimos — e Belém já existia no Pará —, a localidade foi rebatizada Francisco Morato, em homenagem ao jurista e professor do Largo São Francisco. A autonomia político-administrativa, desmembrando-se de Franco da Rocha, veio em 21 de março de 1965.