História
A história que o IBGE guarda de São João das Missões começa pelos primeiros habitantes, e o verbete os nomeia: "os primeiros habitantes da região foram os índios Xacriabá". Depois vieram pessoas da Bahia e de outras regiões de Minas, no rastro do bandeirante Matias Cardoso de Almeida, que no fim do século XVII se estabeleceu na fazenda Morrinhos, hoje município de Matias Cardoso. O arraial se chamava São João dos Índios. O verbete conta que ali foi encontrada, dentro de um tronco de árvore, uma imagem com características indígenas; que Matias Cardoso mandou levá-la para Morrinhos; e que a imagem reapareceu no lugar de origem. Os moradores viram milagre, a romaria começou, e a capela que se ergueu é hoje a igreja da cidade, reformada três vezes. A data exata da construção não é conhecida; no cruzeiro diante da igreja havia impressa a data de 1810. A cadeia de leis é longa para um município tão novo. A Lei estadual nº 2, de 14 de setembro de 1891, criou o distrito de São João das Missões, subordinado a Januária. A Lei nº 843, de 7 de setembro de 1923, rebatizou-o Jacaré. Na divisão de 1933 o distrito já não aparecia — extinto, com o território anexado a Itacarambi, então distrito de Januária. O Decreto-Lei estadual nº 148, de 17 de dezembro de 1938, criou o distrito de Missões com terras desmembradas de Itacarambi. A Lei nº 2.764, de 30 de dezembro de 1962, transferiu Missões para o novo município de Itacarambi. E a Lei nº 12.030, de 21 de dezembro de 1995 — a mesma que emancipou Miravânia e Juvenília —, criou o município de São João das Missões, desmembrado de Itacarambi, com o nome original de 1891. A instalação foi em 1º de janeiro de 1997, e o aniversário da cidade, 21 de dezembro, é a data da lei. No meio desse caminho está o conflito pela terra. O verbete fala em "sérios problemas com a luta pela posse da terra, envolvendo índios, funcionários da FUNAI, posseiros, grileiros e grandes proprietários", e registra que a partir de 1989 a área foi homologada e registrada. O que ele não conta, o Conselho Indigenista Missionário conta: em 12 de fevereiro de 1987, na aldeia Sapé, foram assassinados o vice-cacique Rosalino Gomes de Oliveira e os Xakriabá Manoel Fiúza da Silva e José Pereira Santana, e os autores foram condenados em 1988 por um júri federal, pelo crime de genocídio. A homologação veio dois anos depois do massacre. O nome de Rosalino está hoje na rua da saúde indígena da sede e na unidade de atenção primária que fica nela. A comarca que julga a cidade é mais velha do que o município. Manga foi instalada como comarca em 23 de março de 1958, quando Missões ainda era distrito de Januária; o território passou por Januária e por Itacarambi, e só com a emancipação de 1995 entrou na Comarca de Manga, onde a LC 59/2001 o mantém no item 172 do Anexo II.